WebsiteImExporterでZIPをインポートする際、画像を整理するために「images」フォルダを作りましたが、その階層構造のまま取り込むことはできますか？

可能です。ZIP内にフォルダを作成し、HTMLの参照もそのフォルダに合わせて記述してください。

例：

• ZIP構成

page.html assets/images/photo.png

• HTML側の記述

<img src="assets/images/photo.png">