SiteSync で GUI を使ってファイルやディレクトリを選んで同期できますか？

はい。
Movable Type Premiumに同梱される「SiteSync」では、GUI 画面上で同期したいファイルやディレクトリを選択し、手動または日時指定で同期できます。
これにより、必要なファイルだけを柔軟に公開サーバーへ反映することが可能です。