サーバ配信機能（SiteSync）の選択ファイル同期でディレクトリを選んだ場合、同期先にだけ存在するファイルは削除されますか？

削除は行われません。
「選択ファイル同期」は完全同期ではなく、指定したファイルやディレクトリのみをコピーする動作です。
そのため、同期先にだけ存在するファイルは残ります。

一方で、通常の「サイト単位の同期」では、Rsync/SSH を利用する場合に --delete オプションが付与されるため、
同期元に存在せず同期先にだけあるファイルは削除されます。

• 【選択ファイル同期】削除なし（部分コピーのみ）
• 【通常の同期（サイト単位）】不要ファイルは削除される（完全同期）

（SUPPORT_MTP-1747）