SharedPreview を利用した際に SSI（サーバーサイドインクルード）が動作しません。回避方法や推奨される対応方法はありますか？

SharedPreviewでは、通常のプレビューとは異なりURLが.cgi 形式で生成されるため、テンプレート内に記述したSSIやPHPインクルードは実行されません。
そのため、外部化した共通パーツ（ヘッダー・フッターなど）を直接SSIで呼び出す方式はSharedPreviewでは利用できません。

現在のバージョンではSSIの処理には未対応です。
対応予定は明確にはありませんが、改善検討は継続されています。

参照）公開 Issue: mt-plugin-shared-preview #18

代替手段としてテンプレートモジュールを利用する流れ

SharedPreview を利用する場合は、共通パーツを「テンプレートモジュール」として管理し、Movable Typeのテンプレート機能で呼び出してください。
これにより、通常のプレビューとSharedPreviewの両方で同じレイアウトを確認できるようになります。