選択ファイル同期での抜け漏れを防ぐ方法はありますか？

抜け漏れを防ぐ方法としては、サイト全体の同期をご利用いただくのが確実です。
SiteSyncのサーバ配信機能では「全体同期」「差分同期」「選択同期」が利用できますが、
重要な更新や複数名での運用を想定する場合には、「選択同期」ではなく「全体同期」をご利用ください。

詳細はSiteSyncのプラグインページをご確認ください。

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