ロールから「すべてのコンテンツデータの管理」を外した場合、親サイトのコンテンツデータをグレーアウトではなく非表示にすることはできますか？

いいえ、非表示にすることはできません。
ロールから該当の権限を外すと編集はできなくなりますが、親サイトのコンテンツデータは管理画面にグレーアウト表示されたままとなります。これは仕様です。

（SUPPORT_MTP-1783）