テーマのエクスポートで一部のテンプレートがダウンロードされないのはなぜですか？

テーマのエクスポートでは、インデックステンプレートの「テンプレートの種類」や「識別子」が重複していると、仕様上、一部のテンプレートは出力されません。
これは公式ドキュメントでも注意事項として明記されています。

テーマをエクスポートする 詳細

https://www.movabletype.jp/documentation/mt9/designers-guide/manage-theme/export-theme/

（SUPPORT_MTP-1834）