公開サーバー側に手動で追加したファイルがあります。 Movable Type Premium の SiteSync 機能で同期を行うと、 MT 側に存在しないこれらのファイルは削除されますか？

はい。
SiteSync の同期では、転送元（MT 側）に存在しないファイルは転送先から削除されます。

公式マニュアルにも記載されている通り、
「プロトコルが Rsync and SSH を設定している場合、転送元のディレクトリに存在せず転送先に存在するファイルがあれば削除します（--delete オプションが付与されています）」
と定義されています。

削除を防ぐ方法

削除を防ぎたい場合は、「除外パス」または「除外拡張子」 の設定を行ってください。

除外パスの設定例

管理画面 ＞ サイト ＞ SiteSync設定 で以下のように指定します。

/uploads/custom/

→ このディレクトリ配下のファイルは削除・同期の対象外になります。

除外拡張子の設定例

削除したくないファイル形式を指定します。

pdf, zip, mp4

→ 指定した拡張子のファイルは削除対象外となります。

（SUPPORT_MTP-1604）