「管理画面以外の CGI スクリプトへのアクセス制限」を外すと、不要な CGI スクリプト（mt-comments.cgi、mt-feed.cgi など）も公開されてしまいます。これらを個別に無効化することはできますか？

はい。
Movable Type Premium クラウド版はPSGI環境のため、「Restricted　PSGI　App」という環境変数を利用して不要なCGIスクリプトを個別に制御できます。
この設定により、利用しないスクリプトだけを無効化することが可能です。

参照 環境変数リファレンスについて

https://www.movabletype.jp/documentation/appendices/config-directives/restrictedpsgiapp.html

（SUPPORT_MTP-1795）