現在、1つのサイトに配信していますが、新たに別ドメインのサイトにも配信したいと考えています。Movable Type Premium　で複数の配信先を扱う方法はありますか？

はい、複数の配信先を扱う事が可能です。

ダッシュボード＞設定＞プラグイン＞SiteSyncから、
改行区切りで複数の設定作ホスト名を指定する事ができます。

※転送先パスが同じ場合に限ります。

（SUPPORT_MTP-1775）