FTP 以外のプロトコル（SFTP や rsync）を使った場合も、転送先パスの設定を誤ると同じように子サイトが削除されるのですか？
はい、同じように削除が発生する可能性があります。
SiteSync の同期処理は、利用するプロトコル（FTP・SFTP・rsync）に依存せず、以下の流れで動作します。
- 転送元と転送先のファイル一覧を取得する
- 除外設定を反映して同期対象を決定する
- 転送元に存在せず、転送先にのみ存在するファイルは削除対象とする
このとき、転送先のパス指定が「/」から始まっていないと、子サイトが除外対象と認識されず、転送元に存在しないものとして削除されることになります。
そのため、FTP・SFTP・rsync のいずれを利用する場合でも、転送先パスは必ず「/」から始めて正しく設定する必要があります。
（SUPPORT_MTP-1738）